Modélisation Computationnelle des Interactions Protéine-Ligand
Responsable : Pierre Tufféry (DR INSERM)
Équipe labellisée INSERM (U1133)
Les travaux de l’équipe, antérieurs à 2019, ont été effectués au sein de l’UMRS Paris Diderot-Inserm 973 (MTi)
Les protocoles d’identification rationnelle de candidats médicaments par des approches in silico font désormais partie des pipelines standards de développement. Durant ces dernières années, de nouvelles problématiques sont apparues. Pour une part, il est devenu nécessaire de s’affranchir du paradigme centré sur la seule interaction entre le candidat médicament et sa cible, pour évoluer vers une vision plus intégrée et plus réaliste du candidat médicament en interaction avec des cibles potentielles multiples de façon spécifique ou non, ce que l’on regroupe souvent en polypharmacologie. Enfin, le déclin de l’innovation thérapeutique du début des années 2010 a conduit à considérer de nouvelles classes de composés comme une alternative aux petits composés chimiques (peptides, anticorps, …). Cette diversification requiert aussi la recherche de nouveaux espaces chimiques pour adresser de nouvelles catégories de cibles thérapeutiques dont les interfaces protéines-protéines.
Notre équipe adresse ces questions du niveau de développements méthodologiques au niveau applicatif, avec deux thèmes complémentaires :
(i) Profilage (resp. AC Camproux et O. Taboureau) incluant l’exploration structurale approfondie des protéines thérapeutiques, la prédiction des profils et interactions entre les molécules chimiques et les protéines ainsi que l’analyse de la relation ligand-phenotype en intégrant la biologie des systèmes.
(ii) Peptide (resp. P. Tuffery) incluant le développement de peptides sondes ou candidats, avec un focus particulier sur les peptides interférants des interaction protéine-protéine. Parmis nos intérêts: l’identification et la charactérisation structurale de peptides, les interactions peptide-récepteur – identification des sites d’interaction, énergie d’interaction, optimisation de peptides candidats.
L’équipe héberge aussi la plateforme RPBS – Ressource Parisienne en Bioinformatique Structurale, membre de l’Institut Français de Bioinformatique et de l’infrastructure ChemBioFrance.
